Namen novih pravil o ekološkem kmetovanju je zagotoviti trajnostni razvoj, pošteno konkurenco za kmete in izvajalce dejavnosti ter ohraniti ali izboljšati zaupanje potrošnikov v ekološke proizvode. Države članice EU se strinjajo o namenu novih pravil, a večina nasprotuje določenim rešitvam, ki jih je predlagala evropska komisija. Tudi Slovenija ima več pripomb, na primer glede prepovedi vzporedne pridelave, ki je ena ključnih načrtovanih sprememb.

Prepoved vzporedne pridelave pomeni, da se mora ekološki kmet v ekološko proizvodnjo vključiti s celotno kmetijo, medtem ko je lahko zdaj kmet, ki ima dve različni proizvodnji, v ekološko pridelavo vključen samo z eno od njiju. V Sloveniji je deset odstotkov kmetij, ki nimajo celotne proizvodnje vključene v ekološko kmetijstvo. Precej je kmetij, ki imajo poleg poljedelske in živinorejske proizvodnje še vinograd, ki je sredi rodne dobe in ni primeren za ekološko pridelavo.

»Prepoved vzporedne pridelave je korak v pravo smer za krepitev zaupanja potrošnikov, vendar se kmetije lažje odločijo za preusmeritev v ekološko pridelavo, če lahko to storijo postopoma, zato se Slovenija zavzema za prehodna obdobja,« je pojasnila državna sekretarka na ministrstvu za kmetijstvo in okolje Tanja Strniša. Smiselno je tako dolgo prehodno obdobje, da se izteče rodna doba za trajanje nasada ali amortizacijska doba za hleve. Preučuje se ustreznost desetletnega prehodnega obdobja, a usklajevanja z nevladnimi organizacijami in ekološkimi združenji še potekajo, tako da Slovenija po besedah Strniševe še nima končnega stališča.

Poleg tega se Slovenija zavzema za ohranitev nekaterih izjem, ki jih želi komisija odpraviti. Državna sekretarka je pri tem opozorila na zdaj veljavno izjemo, da se lahko v ekološki proizvodnji uporablja seme iz konvencionalne pridelave, če ni na trgu semena iz ekološke pridelave; enako načelo velja pri reji piščancev.

Slovenija se po njenih besedah strinja, da je treba pravila poenotiti, saj morajo imeti vsi ekološki kmetovalci enake pogoje, a hkrati opozarja, da lahko pretirana zaostritev pravil zavre razvoj ekološkega kmetovanja. »Države, kjer se je trg z ekološkimi proizvodi že zasitil, so bolj naklonjene večjemu zaostrovanju, v državah, kot je Slovenija, kjer se ekološko kmetovanje še razvija, pa gledamo na to, da ne bi bilo zaostritev toliko, da bi zavrle razvoj,« je pojasnila Strniša.

Druga pomembna novost, ki jo predlaga komisija, je zaostritev nadzora nad distribucijo in proizvodnjo hrane, tudi nad organizacijami, ki izdajajo ekološka potrdila, ter uskladitev standardov, ki veljajo v EU ter za uvožene proizvode. Zdaj se ekološke kmetije preverja enkrat na leto. Komisija predlaga prožnejše preverjanje na podlagi ocene tveganj in naključna redna letna preverjanja petine ekoloških kmetovalcev, kar bi pomenilo, da pride vsaka kmetija na vrsto enkrat v petih letih.

Slovenija ta predlog načeloma podpira, vendar pričakuje, da bodo določbe za nadzor prilagojene posebnostim ekološke proizvodnje; da bo zakonodaja preglednejša, vendar ne bo administrativno bolj obremenila kmeta ali nadzornih organov. Pri tem predlaga, da so iz uradnega nadzora izvzete tiste trgovine, ki prodajajo samo predpakirane ekološke izdelke.
V Sloveniji je po podatkih iz leta 2013 ekoloških 8,4 odstotka kmetijskih zemljišč v uporabi.