Poleg globljega, plavalnega dela je njihov pomembni del regeneracijski predel z rastlinami, ki čistijo vodo, poleg tega pa lepšajo vrt in bazen povežejo z okolico. V večini primerov vodo dodatno prečiščujejo mikrobiološki in mehanski filtri.
V naravnih plavalnih bazenih, za katere se včasih uporablja tudi izraz plavalni ribniki, čeprav so v njih ribe izjema, je zelo pomembno razmerje med površino poglobljenega plavalnega in površino plitvejšega regeneracijskega dela, v katerem so posajene rastline, ki čistijo vodo. Manjši ko je bazen, večji mora biti regeneracijski del, da se med organizmi v vodi vzpostavi naravno ravnovesje. Tako je denimo pri 50 kvadratnih metrov velikem bazenu lahko razmerje med njima 1:1; pri manjših pa mora biti regeneracijski del večji od plavalnega, zlasti če je povsem »samočistilni« in nima dodatnih bioloških filtrov. V teh filtrih mikroorganizmi porabljajo odpadne hranilne snovi in tako odvzemajo hrano algam. Sicer pa se tudi pri večjih naravnih bazenih z biološkimi filtri teži k temu, da bi bila površina obeh delov vsaj v razmerju 1:1.
Plavalni del je lahko po obliki in globini podoben klasičnim bazenom, pravokoten ali pa so robovi in dno nepravilne oblike. Zanj je treba izkopati jamo, urediti brežine ter v kotanjo položiti filc in bazensko folijo. Robovi se lahko utrdijo z betonom, obod zgradi iz armiranobetonskih zidakov, ali pa se prehod iz plavalnega dela v plitvejši regeneracijski izvede s poševnim nasipom, za kar je potrebnega več prostora. Šele potem prideta na vrsto filc in folija, ki se nadaljujeta tudi v regeneracijski del. Pri nekaterih bazenih plavalni del izvedejo tudi tako, da kotanjo na terenu najprej obložijo s posebno folijo in na njej postavijo konstrukcijo, ki pozneje predstavlja »kvader« plavalnega dela. Pogostejša pa je izvedba, pri kateri je v plavalnem delu bazenska folija vidna, saj je dno in stene tako laže čistiti.
Med plavalnim in regeneracijskim delom je navadno pod vodo rob iz lesa ali naravnega kamna, ki preprečuje, da bi se nasutje iz regeneracijskega dela vsipalo v plavalni del. Regeneracijski del je prekrit s prodom, v katerega so zasajene vodne rastline, njegov rob je večinoma organskih oblik, da skladneje preide v teren in obrežno zasaditev.
Med rastlinami v regeneracijskem delu imajo najpomembnejšo vlogo oksigenatorji, ki proizvajajo kisik. To so rogolist, vodna škarjica in iglasta sita. Zasaditi je treba tudi različne obrežne rastline, kot so denimo rogozi, perunike, dolgolistna ostrica, navadna trstika. Poleg učinkovitih zelenih tvorcev kisika so za plavalne ribnike pomembne ravno rastline, kot so rogozi in perunike, saj iz vode črpajo fosfor, nitrate in nitrite, ki so sicer hrana za alge. V regeneracijski del posadimo še lokvanje, rumeni blatnik, za okras obrežja pa kalužnice, ločje, vodno spominčico, munec, pritlikavi rogoz in krvenke.
Seveda naravni plavalni bazeni niso brez tehnike, predstavljajo jo črpalke za prečrpavanje in kroženje vode, biološki filtrirni sistem, površinski lovilec nečistoč in cevna napeljava. V manjših voda navadno kroži v dveh ločenih sistemih, ki ju poganjata zunanji črpalki. Prvi zajema vodo skozi odprtino na dnu najglobljega, plavalnega dela in jo skozi usedalnik, v katerem potonejo večji delci (npr. delci rastlin), vodi skozi peščeni filter, od koder je speljana proti regeneracijskemu delu bazena, kjer skozi luknjice v drenažnih ceveh pronica v peščeno dno in se vrača v bazen. Drugi sistem zajema vodo s čistilci vodne gladine, t. i. skimerji.
Prečrpava jo skozi biološke filtre, v katerih se izločijo dušikove spojine, in filter z mineralnimi delci, ki še dodatno stabilizira njeno kakovost, ponekod pred vrnitvijo v bazen voda steče še skozi UV-napravo, ki uničuje bakterije v njej. Od tam je po ceveh speljana nazaj v bazen in se vanj najpogosteje vrača v obliki majhnega slapa ali vodometa, ki nimata zgolj estetske vloge, temveč povečujeta preskrbljenost vode s kisikom. Črpalke in filtri so navadno nameščeni v obzidanem prostoru pod lesenim podestom ob bazenu.
Podobno kot klasične bazene je treba tudi naravne čistiti. V kopalni sezoni se obod plavalnega dela, prekrit s folijo, tedensko počisti s teleskopskimi krtačami, čistilni robot pa pobere usedlino z dna plavalnega dela bazena.
Strokovno vzdrževanje je potrebno dvakrat na leto, spomladi in jeseni. Takrat očistijo ribnik z vodnim sesalnikom, odstranijo morebitne usedline, mulj in alge, hkrati pa pregledajo črpalke, filtre in napeljave. Naravni bazeni se čez zimo ne izpraznijo, se pa konec vegetacijske sezone porežejo rastline, ki so večinoma trajnice. Tiste, ki so lepe tudi pozimi, lahko pustimo, a jih porežemo po koncu zime in odstranimo odmrle dele, še preden začnejo odganjati novi listi.