Ker pride jajce iz kokoši, so na njegovi površini mikroorganizmi, ki jim dostop v notranjost preprečuje nevidna beljakovinska prevleka na lupini. Po strokovnih priporočilih Nacionalnega inštituta za javno zdravje (NIJZ) je za ohranjanje neoporečnosti tega živila pomembno, kako jih shranjujemo, kako ravnamo z njimi med pripravo jedi in v kakšni obliki jih uživamo.
V prispevku o higienskem ravnanju z jajci na spletni strani Nacionalnega inštituta za javno zdravje (NIJZ) nas med drugim opozarjajo na potencialno oporečne jedi iz jajc zaradi prešibke toplotne obdelave. To so surova jajca in vsa živila, ki jih vsebujejo (doma pripravljena majoneza, sladoled, kreme), mehko kuhana jajca, jajca na oko in druge jedi iz delno zakrknjenih jajc. Zanesljivo varna so namreč le jajca, pri katerih je temperatura pri pripravi presegla 70 °C.
Že pripravljene jedi iz jajc porabimo čim prej, tople jedi iz njih shranjujemo pri temperaturi nad 63°C, hladne jedi pa pod 4°C.
Znano dejstvo je, da so sveža jajca kakovostnejša, laže se stepajo ipd. Zato je dobro pred odločitvijo, za kakšno jed jih bomo uporabili, preveriti njihovo svežost, Obstaja več načinov preverjanja starosti jajc. Tisto, ki pravi, da sveže jajce v kozarcu potone, staro pa plava, drži, a ga zaradi stika z vodo raje ne bomo uporabljali. Lahko pa jajce podržimo pred virom svetlobe (žarnico), pri čemer se nam bo zaradi prosojnosti izrisala velikost zračnega mehurčka na topem koncu. Mehurček namreč nastane, ko se toplo jajce, potem ko ga je kura znesla, ohlaja. Večji je prazen prostor, starejše je jajce, če je visok od 3 do 4 mm, je jajce še precej sveže.
Potem ko jajce že razbijemo, o svežini pričata konsistenca beljaka in rumenjaka. Čim bolj se razlijeta, tem bolj je jajce staro.